Das Präsidium beteiligt sich an der Entscheidungsfindung des Vorstands und hat ein Vorschlags-, Empfehlungs- und Anhörungsrecht. Das Präsidium tritt vierteljährlich zusammen. Das Präsidium besteht aus dem Vorstand und den im Folgenden aufgeführten Verbundvorsitzenden:
Prof. Dr. Wilhelm Bauer
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Innovationsforschung
Geschäftsführender Leiter des Fraunhofer-Instituts für Arbeitswirtschaft und Organisation IAO
Prof. Dr. Dieter Fellner
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds IUK-Technologie
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Graphische Datenverarbeitung IGD
Prof. Dr.-Ing. Albert Heuberger
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Mikroelektronik
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Integrierte Schaltungen IIS
Prof. Dr. Dr. Gerd Geißlinger
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Life Sciences
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Translationale Medizin und Pharmakologie ITMP
Prof. Dr. Karsten Buse
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Light & Surfaces
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Physikalische Messtechnik IPM
Prof. Dr.-Ing. Welf-Guntram Drossel
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Produktion
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Werkzeugmaschinen und Umformtechnik IWU
Prof. Dr. Peter Gumbsch
Vorsitzender des Fraunhofer-Verbunds Werkstoffe, Bauteile - MATERIALS
Leiter des Fraunhofer-Instituts für Werkstoffmechanik IWM
sowie als Gäste die Vorsitzenden des Wissenschaftlich-Technischen Rats (WTR), Prof. Dr. Andreas Tünnermann (Fraunhofer-Institut für Angewandte Optik und Feinmechanik IOF) und des Fraunhofer-Leistungsbereichs Verteidigung, Vorbeugung und Sicherheit VVS, Prof. Dr. Jürgen Beyerer (Fraunhofer-Institut für Optronik, Systemtechnik und Bildauswertung IOSB).